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IBMS研究员和病毒学小组成员萨拉·皮特在欧米克隆变体快速传播后分析了Covid检测

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新闻发布,(2021,12月17日)。IBMS研究员和病毒学小组成员萨拉·皮特在欧米克隆变体快速传播后分析了Covid检测。Psychreg在健康.//www.mums-channel.com/ibms-fellow-virology-panellist-sarah-pitt-breaks-down-covid-testing-rapid-spread-omicron-variant/
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有一系列检测新冠病毒的测试,了解结果能告诉你什么和不能告诉你什么是有用的,特别是与新的Omicron变种有关。

英国大多数人都经常在家里或工作场所用新冠病毒横向流动检测装置(lfd)进行自我检测。建立这些设备是为了快速检测冠状病毒核衣壳(N)蛋白。新冠病毒的每个新变种在N基因序列中都有一些突变,但到目前为止,这些变化似乎没有影响LFD的结果。

对于病毒的所有变种——包括欧米克隆——lfd具有非常好的可靠性,尽管它们的准确性低于PCR检测。这意味着如果你在LFD检测中呈阳性,你就可以假设你感染了Covid。如果你的LFD检测呈阴性,那么仍然有可能感染,但如果是低水平的感染,你可以谨慎处理。

如果你检测LFD呈阳性,就不可能知道你有哪种变体。

当您获得用于PCR的样本时,它将被送往医院微生物科或病毒学科或支柱2检测实验室。这些实验室都使用由一系列不同的商业公司生产的试剂盒来处理结果,每个试剂盒遵循略有不同的PCR方法。

所有PCR试剂盒都使用引物,引物是附着在新冠病毒基因组序列两到三个位置的分子标签。大多数试剂盒的目标是在开放阅读框(ORF)的某处,这是基因组一端的一个部分。

在三个地方标记遗传密码的PCR试剂盒——ORF, S和N区——在英国实验室中经常使用。Omicron的Spike蛋白的变化意味着某些引物无法在基因序列中找到它们被设计用来“标记”或附着的位置。这是因为Omicron变体中不再有这些基因片段,这可能会导致奇怪的PCR结果。

PCR检测可能会显示ORF和N标记的反应,但不会显示S标记的反应。这被称为S基因的“靶失败”,有时也称为“S基因缺失”。在2020年底,从事卫生保健检测工作的生物医学科学家和他们的实验室助理注意到这一点。

2021年11月中下旬,S基因靶失败(“SGTF”)的样本比预期的多。进一步的研究表明,许多S基因靶点失败的测试实际上都检测到了Omicron变体。

要绝对确认Omicron变异的阳性病例,样本仍必须在专门的测序实验室进行详细分析。

随着欧米克隆成为流行的新冠病毒的主要版本,科学家们正在考虑将S基因靶点失败的结果作为“可能的欧米克隆”。这种方法提供了一种有用的方法来估计这种新变种在未来几个月传播的速度和广度。


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